南新虹(2006)認為導入ERP系統後需要建立一系列與之相配套的內部控制制度加以控制，如此才能充分發揮ERP 系統的優勢。目前，大多企業並沒有嚴密的管理制度或是年久失修，不然就是實際運作情形與規章不符，使得ERP 系統不能正常運轉。由於內部控制制度的薄弱，使用者可能超越授權範圍或未經授權都有可能透過電腦和網路瀏覽全部的資料檔案，進行篡改、複製、偽造、銷毀企業重要的數據等不當行為。
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