在企業內部控制制度的缺陷方面，企業使用ERP 系統不論是導入階段或是導入以後，均大幅度改變了企業的流程，以致舊有以人工作業為主的內部控制制度產生了極大的變化，使得在ERP 系統作業環境下的內部控制與人工控制制度產生差異，交易的審計軌跡顯少書面化，其錯誤或舞弊的風險亦比人工作業處理時更加複雜。另外e 化下的內部控制，雖可減少人為疏失所造成的錯誤，但其所引起的錯誤則是系統性的，影響的範圍與程度也將更為重大。
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