電腦資訊系統處理交易事項，對公司的整體作業流程有很大的影響。因此，稽核人員必須了解企業使用的電腦資訊系統環境，才能做好相關的查核規劃。

企業的資訊系統環境作業主要可分為單機作業之個人電腦、線上作業電腦系統以及資料庫系統。透過強化企業內部主管的監督與企業內部流程效率，能提升期內控的有效性。此外，系統之安全控管，定期備份資料，避免資料受到毀損等，也是相當重要的一環。

為了協助稽核人員在企業使用電腦資訊系統下，相關的審計專業組織建立了相關的查核準則，提供稽核人員進行電腦稽核時有可參考之準則。一般進行電腦稽核時，在交易資料的查核部份通常會依照國際內部稽核協會(IIA)所發行的COSO內部控制架構來進行；而對於資訊循環的查核則會採用國際電腦稽核協會(ISACA) 所發行的COBIT資訊科技的管理、控制與稽核架構來進行查核。而國內目前在此部份的標準規範僅在會計研究發展基金會所編輯之「審計實務指引」有說明，其他的專業協會均以翻譯國際的準則為主。

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